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(一)申请
1) 申请人向分中心提出正式申请，领取《有机食品认证申请表》和交纳申请费。
2) 申请人填写《有机食品认证申请表》，同时领取《有机食品认证调查表》和《有机食品认证书面资料清单》等文件。
3) 分中心要求申请人按本标准的要求，建立本企业的质量管理体系、质量保证体系的技术措施和质量信息追踪及处理体系。
(二)预审并制定初步的检查计划
1) 分中心对申请人预审。预审合格，分中心将有关材料拷贝给认证中心。
2)认证中心根据分中心提供的项目情况，估算检查时间(一般需要2次检查:生产过程一次、 加工一次)。
3) 认证中心根据检查时间和认证收费管理细则，制定初步检查计划和估算认证费用。
4) 认证中心向企业寄发《受理通知书》、《有机食品认证检查合同》(简称《检查合同》)并同时通知分中心。
(三)签订有机食品认证检查合同
1) 申请人确认《受理通知书》后，与认证中心签订《检查合同》。
2 ) 根据《检查合同》的要求，申请人交纳相关费用的 50% ，以保证认证前期工作的正常开展。
3) 申请人委派内部检查员(生产、加工各1人)配合认证工作，并进一步准备相关材料。
4) 所有材料均使用书面文件和电子文件各一份，拷贝给分中心。
(四)初审
1)分中心对申请者材料进行初审，对申请者进行综合审查。
2) 分中心将审核意见和申请人的全部材料拷贝给认证中心。
3) 认证中心审查并做出"何时"进行检查的决定。
4) 当 审查不合格，认证中心通知申请人且当年不再受理其申请。
(五)实地检查评估
认证中心在确认申请者交纳颁证所需的各项费用后。
1) 全部材料审查合格以后，认证中心派出有资质的检查员;
2) 检查员应从认证中心或分中心处取得申请人相关资料，依据《有机食品认证技术准则》 准则的要求，对申请人的 质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估。
3) 必要时，检查员需对土壤、产品抽样，由申请人将样品送指定的质检机构检测。
(六)编写检查报告
1) 检查员完成检查后，按认证中心要求编写检查报告。
2) 检查员在检查完成后两周内将检查报告送达认证中心。
(七)综合审查评估意见
1) 认证中心根据申请人提供的申请表、调查表等相关材料以及检 查员的检查报告和样品检验报告等进行综合审查评估，编制颁证评估表。
2) 提出评估意见并报技术委员会审议。
(八)认证决定人员/技术委员会决议
认证决定人员 对申请人的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，做出 同意颁证、有条件颁证、有机转换颁证或拒绝颁证的决定 。 证书有效期为一年。
当申请项目较为复杂(如养殖、渔业、加工等项目)时，或在一段时间内(如6个月)， 召开技术委员会工作会议，对相应项目作出认证决定:
认证决定人员/技术委员会成员与申请人如有直接或间接经济利益关系，应回避。
1) 同意颁证。申请内容完全符合有机食品标准，颁发有机食品证书。
2) 有条件颁证。申请内容基本符合有机食品标准，但某些方面尚需改进，在申请人书面承诺按要求进行改进以后，亦可颁发有机食品证书。
3) 有机转换颁证。申请人的基地进入转换期一年以上，并继续实施有机转换计划，颁发有机转换基地证书。从有机转换基地收获的产品，按照有机方式加工，可作为有机转换产品，即"转换期有机食品"销售。
4) 拒绝颁证。申请内容达不到有机食品标准要求，技术委员会拒绝颁证，并说明理由。
有机食品标志的使用
根据证书和《有机食品标志使用管理规则》的要求，签订《有机食品标志使用许可合同》，并办理有机食品商标的使用手续。
有机食品标志
有机食品标志有机食品标志释义:
有机食品标志采用人手和叶片为创意元素。我们可以感觉到两种景象:其一是一只手向上持着一片绿叶，寓意人类对自然和生命的渴望;其二是两只手一上一下握在一起，将绿叶拟人化为自然的手，寓意人类的生存离不开大自然的呵护，人与自然需要和谐美好的生存关系。有机食品概念的提出正是这种理念的实际应用。人类的食物从自然中获取，人类的活动应尊重自然的规律，这样才能创造一个良好的可持续的发展空间。
